Гинтама: Сказание о Бэнидзакуре

События разворачиваются за двадцать лет до начала оригинальной игры. Главный герой слышит в своей голове незнакомый голос, призывающий его на помощь. После этого он оказывается перенесенным в другой мир, освещенный ярким светом. Этот мир разделен между двумя государствами, которые ведут продолжительную войну. Конфликт сосредоточен вокруг контроля над особыми источниками энергии, имеющими критическое значение для обеих сторон.

Лидеры враждующих стран предпринимают попытку заключить временное перемирие, чтобы остановить разрушения. Однако достигнутое соглашение остается неустойчивым. Оказавшись в центре этих событий, главный герой осознает, что его судьба тесно связана с политическими интригами и военным противостоянием. Его присутствие в этом мире приобретает ключевое значение для будущего конфликта. Герой сталкивается с союзниками, стремящимися повлиять на ход истории, и с персонажами, которые пытаются использовать его в своих интересах.